Практическая фаза реализация проекта по утилизации плавтехбазы началась в сентябре 2012 года с постановки «Лепсе» на акваторию филиала СРЗ «Нерпа» АО «ЦС «Звездочка».
Менее чем за четыре года удалось создать техническую инфраструктуру для выполнения работ по утилизации судна, осуществить демонтаж верхней надстройки, осуществить уникальную доковую операцию по постановке судна на твердое основание стапельной плиты, где ведутся основные работы по утилизации корабля-хранилища радиоактивных и ядерных отходов. Четыре объемных этапа уже позади - утилизированы часть носовой оконечности с низкой мощностью дозы излучения, машинное и котельное отделение судна, блок-упаковка с кормовой оконечностью подготовлена для длительного хранения. В ноябре 2016 года она отправлена на долговременное хранение в ПДХ РО «Сайда».
В декабре 2016 года был завершен процесс формирования носовой блок-упаковки.
С конца 2016 года и по настоящее время подрядной организацией НИЦ «Курчатовский институт» развернуты полномасштабные работы по возведению защитного укрытия, где будет произведена выгрузка отработавшего ядерного топлива.
В марте 2017 года предприятие посетила комиссия, в состав которой вошли представители Европейского банка реконструкции и развития, являющегося распорядителем средств фонда ЭПСИ, специалисты АО ФЦЯРБ, международные консультанты. Группа экспертов произвела оценку и проконтролировала завершающий этап работ по утилизации ПТБ «Лепсе», формирование носовой блок-упаковки и начало работ по строительству укрытия.
Объем работ по утилизации ПТБ «Лепсе», где исполнителем является СРЗ «Нерпа», завершен. Предприятие занимается передачей металлолома, полученного при утилизации судна и не имеющего радиоактивного загрязнения, эксплуатирующей организации. Также завершается процедура обращения с радиоактивными отходами, образовавшиеся в процессе утилизации.
В конце апреля 2017 года на СРЗ «Нерпа» начилась поставка специализированного оборудования для выгрузки ОЯТ, изготовлением которого занимается НПФ «Сосны».
Обязательства предприятия в рамках международного контракта «Лепсе» будут исполнены после перевода носовой блок-упаковки в защитное укрытие, где будут производиться работы по выгрузке ОЯТ из носового хранилища. Срок окончания стройки запланирован на 2018 год. Все работы по реализации проекта утилизации «Лепсе» завершатся к 2020 году, когда носовая оконечность в блок-упаковке будет отправлена в пункт длительного хранения Сайда-губы.